近日，生命学院杨若林教授课题组在植物进化基因组学领域取得新进展，相关研究论文“Correlated evolution of large DNA fragments in the 3D genome of Arabidopsis thaliana”在国际知名进化生物学杂志《Molecular Biology and Evolution》(中科院生物大类1区top期刊; 最新影响因子:14.797)在线发表。生命学院青年教师晏瑜斌博士和2017级博士研究生李昭宏为论文共同第一作者，杨若林教授为论文通讯作者。

        真核生物基因组的线性组织并不是随机的，相邻的基因通常具有比较相似的功能和表达模式，并表现出相近的进化速率。近年来随着三维基因组的发展，基因组在空间上的组织及其功能开始被逐渐揭示，然而对于空间上相近的基因以及其他DNA片段是否也像线性相邻的基因一样呈现共进化的模式并不清楚。该研究利用拟南芥中的Hi-C公共数据构建了染色质互作网络，发现空间相邻的DNA片段具有比随机情况下更相似的遗传多态性和进化速率，而且这种三维空间相邻DNA片段之间的相关进化是由它们之间相似的突变率和自然选择所导致的。此外，该研究还系统地调查了局部DNA片段的遗传和表观遗传特征（如GC含量、重组率、组蛋白修饰等）与突变率和进化速率等的关系。结果表明39种遗传和表观遗传特征能解释拟南芥基因组中70%的进化速率的变异，并且那些对局部进化速率影响更大的特征在三维网络的相邻节点中展现出更高的相似性。该论文增进了我们对真核生物基因组结构和功能的理解。该研究受到西北农林科技大学博士科研启动基金、国家自然科学基金、陕西省百人计划等支持。

        原文链接：https://doi.org/10.1093/molbev/msaa031