我校吴玉章学院成立于2006年6月，以老校长吴玉章之名命名，是学校对优秀本科生实施“拔尖创新人才培养”的荣誉学院。其前身为“四川大学创新人才综合培养计划” (创办于2000年9月)。

近年来，吴玉章学院本科毕业生国内外深造率均超过90%。今年吴玉章学院本科毕业生有169名，有102人将在国内继续深造（占比60.36%），其中保送到清华大学和北京大学16人、中科院大学13人、复旦5人、浙大4人、上交大5人。有56人将在国外深造（占比33.14%），包括加州大学伯克利分校、卡内基梅隆大学、加州大学圣地亚哥分校、哥伦比亚大学等，他们中的不少同学还同时获得了3个以上高校的录取函。目前为止，学生的国内外深造率达到93.5%。

吴玉章学院学院拔尖创新人才培养实行“一制三化多交叉”和三段混合式培养模式。“一制”指“导师制”，作为全国最早的荣誉计划之一，学院从2000年开始为每位本科生配备导师，负责学生的品德教育和学术指导。“三化”指“个性化、小班化、国际化”，学院实行“一人一案”的个人修读计划，充分尊重学生的个性特点和兴趣特长；荣誉课程全部采用“小班化、研讨式”授课，倡导“探究式、翻转式、前沿整合式课堂”；学院与牛津大学圣埃德蒙学院等国际一流大学合作，实现了学生国际化教育的“全覆盖”；多交叉是指不同学科背景的学生一起住宿、交叉荣誉课程学习等。三段混合式是指对大部分学生，前期（第1-1.5年）实行通识+荣誉课程教育，中期（第1.5-3年）实行专业或专业方向+实践+跨学科专业教育，后期（第4年）实行学术研究、创新创业、实践应用分类发展教育。

学院诚邀各学科的院士、文科杰出教授、千人、高端外籍专家领衔，选聘学科带头人、长江学者、博士生导师等一批学识渊博、思想活跃、经验丰富、对教学工作满腔热血的教师担任指导老师，为学生大学生涯的不同阶段量身打造“远航计划”。“远航计划”由“导航计划”、“护航计划”、“领航计划”三部分构成，以学生发展为中心，以教师指导为引领，为学生开启全新旅程导航，为学生个性化、创新型发展护航，为学生放飞梦想、绽放自我领航，让学生在大学的汪洋大海中乘风破浪，驶向成功的彼岸。

近五年来，吴玉章学院百余名学生获得美国大学生数学建模竞赛和全国大学生英语竞赛等国家奖项，多篇学术论文被SCI、EI、CSSCI收录。毕业生进入哈佛大学、复旦大学、世界银行、联合国、苹果公司、谷歌、华为等国内外知名企事业单位及政府部门供职或自主创业，赢得广泛好评。如2000级学生张星现任职世界银行，2012级学生刘敬德参与了《联合国年鉴》撰写，2002级学生侯旭，曾任教哈佛大学，现为厦门大学教授，青年千人，2002级学生左为，现任同济大学教授，青千，青年长江学者，吉美瑞生（上市公司）董事长兼首席科学家。